Проект по внедрению системы менеджмента качества (СМК) в университете стартовал в 2006 году.
С 2015 года все процессы включены в область сертификации системы менеджмента качества университета на соответствие требованиям международного стандарта ISO 9001.
Для оценки эффективности функционирования СМК университета ежегодно, начиная с 2021 года, проводится анализ системы менеджмента качества со стороны руководства.
В октябре 2024 в ходе внешнего аудита, проводимого Ассоциацией по сертификации «Русский регистр» (г. Санкт-Петербург), система менеджмента качества ВГУ прошла проверку на соответствие требованиям стандарта ISO 9001:2015 и получила международное признание.